O Programa Acadêmico de Pós-Graduação em Economia - Mestrado Acadêmico em Economia (NUPEC) da UFS oferece aos seus alunos acesso a bolsas de estudo da CAPES, do CNPq e da Fapitec, sempre que as exigências destes órgãos para a concessão de tal benefício sejam devidamente satisfeitas pelo aluno e haja disponibilidade dessas bolsas. As bolsas de Mestrado têm duração de dois anos.